Phòng Tham mưu (có Trung tâm thông tin chỉ huy Cảnh sát giao thông) (Phòng 1)
Phòng Chính trị (Phòng 2)
Phòng Hậu cần (Phòng 3)
Phòng Tuyên truyền, phổ biến pháp luật về trật tự, an toàn giao thông (Phòng 4)
Phòng Hướng dẫn điều tra, xử lý tai nạn giao thông (Phòng 5)
Phòng Hướng dẫn đăng ký và kiểm định phương tiện (Phòng 6)
Phòng Hướng dẫn, tổ chức sát hạch, quản lý giấy phép của người điều khiển phương tiện trong Công an nhân dân (Phòng 7)
Phòng Hướng dẫn tổ chức, điều khiển giao thông và dẫn đoàn (có các Đội dẫn đoàn) (Phòng 8)
Phòng Hướng dẫn tuần tra, kiểm soát giao thông đường bộ (Phòng 9)
Phòng Tuần tra, kiểm soát giao thông đường bộ, cao tốc (có các Đội Tuần tra, kiểm soát giao thông đường bộ cao tốc) (Phòng 10)
Phòng Hướng dẫn và tổ chức bảo đảm trật tự, an toàn giao thông đường sắt (có các Đội kiểm tra, giám sát bảo đảm trật tự, an toàn giao thông đường sắt) (Phòng 11)
Phòng Công tác phòng ngừa, đấu tranh phòng chống tội phạm trên đường thủy nội địa (Phòng 12)
Phòng Hướng dẫn tuần tra, kiểm soát giao thông đường thủy nội địa (Phòng 13)
Thủy đoàn I
Thủy đoàn II (Trước là Thủy đoàn III)
Trung tâm Huấn luyện, bồi dưỡng nghiệp vụ và đào tạo lái xe
